Il Museo archeologico si sviluppa su tre livelli. Il percorso espositivo comprende le testimonianze della preistoria e protostoria nel territorio della città greca, per i corredi delle necropoli di Cava Ruccia e S. Eligio, le testimonianze dei primi contatti tra popolazioni indigene ed i coloni greci e le prime importazioni greche nella città di Leontinoi con le testimonianze dall’abitato (Contrada Caracausi e Crocifisso). Seguono l’esposizione dei materiali dall’area sacra di Metapiccola e delle fortificazioni della Porta Nord e della Porta Sud, che spiega la sezione stratigrafica, che risale all’allestimento Cabianca Rizza. Sono, poi, presentate le testimonianze dei due santuari periurbani di Contrada Alaimo e Contrada Scala Portazza.
Ampio spazio viene dato al tema del Collezionismo a Lentini e poi alle necropoli dell’antica colonia greca. Nel percorso espositivo viene evidenziate la continuità di vita in età medievale, con riferimento alle chiesi rupestri ed al periodo di Federico II, particolarmente legato a questo territorio.
Nel piano superiore è una sezione riservata ai rinvenimenti subacquei di Contrada Castelluccio e poi la documentazione dalla preistoria in poi nel territorio.
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