Costruito sul Capo Schisò, il Museo è strettamente legato al sito dell’antica Naxos: un tratto dell’ antico muro di cinta attraversa il suo giardino, e dal museo prende inizio l’itinerario che si snoda all’interno dell’antica area urbana, utilizzando una stradella poderale e poi il tracciato della plateia B.
Le raccolte del Museo sono formate in massima parte da reperti dagli scavi condotti nel sito da oltre 50 anni. Ad essi si aggiunge un piccolo nucleo di materiali acquistati a Taormina da P. Orsi o a lui donati o provenienti da ricerche da lui condotte, come nel caso dei corredi di tre sepolture di Cocolonazzo di Mola (scavi 1919), che, risalenti alla seconda metà dell’VIII secolo a.C., rappresentano l’evidenza più efficace dell’incontro tra coloni greci e siculi.
Un’ ultima eccezione è costituita da un’acquisizione molto più recente. Si tratta dell’Arula (530 a.C.) Heidelberg – Naxos con sfingi affrontate, ricomposta da P. Pelagatti, ricongiungendo un frammento conservato presso il Museo dell’ Università di Heidelberg ed un frammento da lei stessa acquistato nel 1973 a Giardini. L’ effettiva ricomposizione, avvenuta solo nel 1997, ha arricchito il Museo di un esempio notevole di coroplastica prodotta a Naxos sul finire del VI secolo a.C.
L’esposizione segue un criterio cronologico topografico con particolare attenzione al raggruppamento di alcune classi di materiali, quali soprattutto le lastre di rivestimento architettonico e le antefisse a maschera silenica, le quali rappresentano una delle produzioni più significative della città. Con diversi tipi, essa si sviluppa ininterrotta a partire dagli ultimi decenni del VI a.C. (Sileno A) sino a tutto il V a.C. (Sileni B e C), offrendo una testimonianza efficace della diffusione del culto di Dioniso, la cui immagine caratterizza la monetazione di Naxos sin dalle prime emissioni.
Le sale d’ ingresso sono dedicate alla preistoria del sito e alla prima fase di sviluppo della colonia greca di Naxos. La splendida coppa di Stentinello, trovata non lontano dal Museo, documenta l’inizio della vita nel sito in età Neolitica sul Capo Schisò.
Tra i materiali più antichi della colonia un posto di rilievo occupano le importazioni corinzie, ed in particolare i numerosi frammenti di coppe del tipo di Thapsos (740-700 a.C.). In associazione con la ceramica corinzia tardo-geometrica si trova ceramica di importazione euboica, ed in misura maggiore di imitazione prodotta a Naxos. Alcuni esemplari di idrie sub–geometriche, dalla necropoli settentrionale, sono esposte accanto ad altri corredi dei primi decenni del VI secolo a.C.
Le due sale del piano superiore sono dedicate, l’una (sala A) ai reperti dalle aree sacre, l’ altra (sala B) a quelli dalla città arcaica e classica e dalle necropoli del V e del III sec. a.C. Le sale sono precedute dal monetiere in fase di allestimento, dove sono raccolti alcuni esemplari di monete d’argento di età classica da zecche di diverse città della Sicilia e di Reggio, scoperti tutti nel quartiere settentrionale (Scavi 1996).
I ritrovamenti subacquei sono contenuti nella sala del torrione cinquecentesco adiacente l’edificio del museo. In essa è in esposizione il vasto repertorio di ancore in pietra e di ceppi d’ ancora in piombo, esemplari in maggioranza prelevati negli anni ‘60 dalla baia di Naxos e Taormina.
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